Näitä ovat esimerkiksi epätyypilliset ulkoiset tai sisäiset sukuelimet. Intersukupuolisuus on yleiskäsite moneen eri tilaan. Kuten muutkin lapset, kasvava intersukupuolinen lapsi ymmärtää useinmiten itse, mihin sukupuoleen kokee kuuluvansa.